Indice

• Introduzione
  • Perché queste note, perché PYTHON
    • Perché queste note
    • Perché PYTHON
    • Ringraziamenti
  • Che cos'è un programma
  • Eseguire PYTHON
  • Costanti, variabili, flusso di un algoritmo
  • Funzioni, subroutines
  • Controllo del flusso
    • Connettivi logici
  • Iterazione (while, e for)
    • Operatore in
  • Scaldiamoci un po' ...
    • Esercizio 1
    • Esercizio 2
    • Esercizio 3
    • Esercizio 4
    • Esercizio 5
    • Esercizio 6
  
  
• Strutture dati disponibili in python
  • Stringhe
  • Liste
    • $\sum$ e $\prod$ ovvero sommatorie e produttorie
    • Valore medio e deviazione standard
  • Tuple
  • Dizionari
  • File: lettura e scrittura
    • Esempio: leggiamo una sequenza da un file formato SWISSPROT
  • Un po' di esercizi
    • Esercizio 1
    • Esercizio 2
    • Esercizio 3
    • Esercizio 4
    • Esercizio 5
    • Esercizio 6
  
  
• Cenni sulle classi ed oggetti
  • Class and objects
    • Classe DNA, e metodi relativi
    • Esercizio
  
  
• Strutture dati
  • Liste
  • Code
  • Pile
  • Alberi
  • Grafi
  
  
• Elementi di complessità computazionale
  • Definizione complessità asintotica nel tempo e nello spazio
  • Esempio 1: calcolo di un grafico di idropatia
  • Esempio 2: calcolo della sottosequenza con somma massima
    • Esercizio: maxsum3,maxsum2 e maxsum1
    • Esercizio: ricerca in un elenco ordinato
  
  
• Espressioni regolari e ricerca di siti
  • Espressioni regolari
    • Introduzione alle Espressioni Regolari
    • I metacaratteri
    • Ripetizioni
    • La compilazione e l'esecuzione
    • I Metodi disponibili per la Ricerca
    • Prosite
    • Esercizio 1
  • Enzimi di restrizione
  
  
• Programmazione dinamica
  • Introduzione
  • Serie di Fibonacci
    • Esercizio 1
    • Esercizio 2
  • La più lunga sottosequenza comune
    • Esercizio 3
  
  
• Allineamento di sequenze
  • Introduzione
  • Distanza tra due sequenze
  • Allineamento tra due sequenze
    • Esercizio 1
    • Esercizio 2
    • Esercizio 3
  • Algoritmo di Needlman-Wunsh
  • Allineamento locale: algoritmo di Smith-Waterman
    • Esercizio 1:
    • Esercizio 2:
  • Allineamento semigloblale
  • Allineamento globale $O(n)$ in spazio
  • Un aproccio Dividi et impera
  
  
• Ancora allineamenti
  • Caso del gap affine
  • Allinemanto multiplo
  • Pseudo-BLAST
  
  
• Predizione della struttura secondaria dell'RNA
  • Algoritmo di Nussinov
    • Esercizio 1
    • Esercizio 2
  
  
• Elementi di probabilità
  • Elementi di teoria della probabilità
    • Esempio 1
  • Modelli di Markov
    • Esercizio 1.
  • Massimizzazione di funzioni
  
  
• Bibliografia
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